На уровне законодательства ситуация выглядит следующим образом:  

В пункте 2 статьи 3 «Аудитор» ранее действовавшего Федерального закона «Об аудиторской деятельности» от 7 августа 2001 года N 119-ФЗ было установлено:

2. Аудитор вправе осуществлять аудиторскую деятельность в качестве работника аудиторской организации или в качестве лица, привлекаемого аудиторской организацией к работе на основании гражданско - правового договора, либо в качестве индивидуального предпринимателя, осуществляющего свою деятельность без образования юридического лица.

То есть, в случае производственной необходимости, аудиторская организация и аудитор могли заключить гражданский договор на небольшой срок. Аудитор не включался в штатное расписание. Данное положение полностью соответствовало Гражданскому Кодексу РФ часть 2: Глава 39 «Возмездное оказание услуг» регулирует порядок заключения таких договоров.

В настоящее время в соответствии с п.п. 3 и 4 статьи 4 «Аудитор» ФЗ «Об аудиторской деятельности» от 30.12.08 № 307-ФЗ:

3. Аудитор, являющийся работником аудиторской организации на основании трудового договора между ним и аудиторской организацией, вправе участвовать в осуществлении аудиторской организацией аудиторской деятельности, а также в оказании прочих услуг, предусмотренных статьей 1 настоящего Федерального закона.

4. Индивидуальный аудитор вправе осуществлять аудиторскую деятельность, а также оказывать прочие услуги в соответствии со статьей 1 настоящего Федерального закона, если иное не предусмотрено настоящим Федеральным законом.

Аудиторы, которые в настоящее время не работают в качестве сотрудников аудиторских организаций и не являются индивидуальными аудиторами, необходимо подтверждать свое участие в аудиторских проверках не менее одного раза в год.

Создается ситуация, в которой аудиторы, не работающие в аудиторских организациях, должны в обязательном порядке заключить трудовой договор с аудиторской организацией и быть зачислены в штат организации для того, чтобы подтвердить свое участие в осуществлении аудиторской деятельности. Или зарегистрироваться в качестве индивидуального аудитора.

В случае, если такое подтверждение отсутствует, то возникает риск аннулирования квалификационного аттестата на основании пункта 6 статьи 12 «Основания и порядок аннулирования квалификационного аттестата аудитора» ФЗ «Об аудиторской деятельности» от 30.12.08 № 307-ФЗ.

Поскольку вступило в действие Положение о порядке ведения реестра аудиторов и аудиторских организаций саморегулируемой организации аудиторов и контрольного экземпляра реестра аудиторов и аудиторских организаций саморегулируемых организаций аудиторов (утв. Пр. Минфина России от 30.10.2009 № 111н) у аудиторской организации возникает обязанность, приняв аудитора по трудовому договору даже на 1 день, проинформировать СРО, членом которого он состоит. Соответственно, СРО обязано передать информацию об изменениях в Минфин России для включения ее в контрольный экземпляр реестра аудиторов и аудиторских организаций.

Аудиторским организациям, которые, как правило, не держат в своих штатных расписаниях свободных вакансий, придется, для того, чтобы дополнительно привлечь аудиторов к аудиторским проверкам совершить ряд процедур, требующих от них громоздкого делопроизводственного процесса для того, чтобы включить должность в штатное расписание, а затем, исключить.

Кроме того, в случае, когда членские взносы ряда СРО формируются в зависимости от количества аттестованных аудиторов в штате аудиторской организации такой «временный прием на работу» порождает также дополнительные сложности в расчете членских взносов.

Предлагается воспользоваться инструментом, предоставляемым Гражданским Кодексом РФ часть 2 Глава 39 «Возмездное оказание услуг» и в случае, когда аудиторским организациям необходимо на короткое время привлечь аудиторов к работе, или, когда аудиторам, не работающим в аудиторских организациях, подтвердить свое участие в аудиторских проверках, допускать заключение аудиторами гражданско-правового договора на оказание возмездных услуг с аудиторскими организациями или индивидуальными аудиторами. При заключении гражданско-правового договора не требовать от аудиторских организаций информирования СРО о привлечении аудитора для выполнения работ.

В соответствии со статьей 3 «Гражданское законодательство и иные акты, содержащие нормы гражданского права» Гражданского Кодекса РФ (часть 1)

1. В соответствии с Конституцией Российской Федерации гражданское законодательство находится в ведении Российской Федерации.

2. Гражданское законодательство состоит из настоящего Кодекса и принятых в соответствии с ним иных федеральных законов (далее - законы), регулирующих отношения, указанные в пунктах 1 и 2 статьи 2 настоящего Кодекса.

Нормы гражданского права, содержащиеся в других законах, должны соответствовать настоящему Кодексу.

3. Отношения, указанные в пунктах 1 и 2 статьи 2 настоящего Кодекса, могут регулироваться также указами Президента Российской Федерации, которые не должны противоречить настоящему Кодексу и иным законам.

4. На основании и во исполнение настоящего Кодекса и иных законов, указов Президента Российской Федерации Правительство Российской Федерации вправе принимать постановления, содержащие нормы гражданского права.

5. В случае противоречия указа Президента Российской Федерации или постановления Правительства Российской Федерации настоящему Кодексу или иному закону применяется настоящий Кодекс или соответствующий закон.

6. Действие и применение норм гражданского права, содержащихся в указах Президента Российской Федерации и постановлениях Правительства Российской Федерации (далее - иные правовые акты), определяются правилами настоящей главы.

7. Министерства и иные федеральные органы исполнительной власти могут издавать акты, содержащие нормы гражданского права, в случаях и в пределах, предусмотренных настоящим Кодексом, другими законами и иными правовыми актами.

На основании изложенного, предлагается принять решение на Совете по аудиторской деятельности при Минфине России о допустимости заключения аудиторскими организациями гражданско-правовых договоров с аудиторами без обязательного уведомления саморегурируемых организаций аудиторов.

Сохранение действующей ситуации приведет к тому, что действующие Реестры аудиторов и аудиторских организаций саморегулируемых организаций аудиторов и контрольного экземпляра реестра аудиторов и аудиторских организаций саморегулируемых организаций аудиторов будет постоянно дополняться временными изменениями и приведет к увеличению документооборота и затратам рабочего времени.

Официальный ответ Минфина:

Департамент регулирования государственного финансового контроля, аудиторской деятельности, бухгалтерского учета и отчетности информирует, что в соответствии с Регламентом Министерства финансов Российской Федерации, утвержденным приказом Минфина России от 23 марта 2005 г. № 45н, в Министерстве, если законодательством не установлено иное, не рассматриваются по существу обращения по разъяснению (толкованию норм, терминов и понятий) законодательства Российской Федерации и практики его применения, по оценке конкретных хозяйственных ситуаций.
Вместе с тем обращаем Ваше внимание, что в соответствии с Федеральным законом «Об аудиторской деятельности» в осуществлении аудиторской организацией аудиторской деятельности вправе участвовать аудитор, являющийся работником аудиторской организации на основании трудового договора между ним и аудиторской организацией.