Да, могут. Ограничения установлены только для рекомендаций, выдаваемых аудиторской организации. В соответствии с п.п.6) п. 5 статьи 18 «Требования к членству в саморегулируемой организации аудиторов» Федерального закона Российской Федерации от 30 декабря 2008 г. N 307-ФЗ "Об аудиторской деятельности":

6) письменные рекомендации, подтверждающие безупречную деловую репутацию коммерческой организации, не менее трех аудиторов, сведения о которых включены в реестр аудиторов и аудиторских организаций не менее чем за три года до дня дачи рекомендаций и которые не являются учредителями (участниками) данной коммерческой организации, не входят в состав ее органов управления и не состоят в трудовых отношениях с ней;

Следовательно, аудиторской организации рекомендации могут дать аудиторы, работающие в других аудиторских организациях, не участвующие в уставном капитале и не работающие в органах управления аудиторской организации, включая совместителей.